Vo vyšetrovaní prípadu zavlečenia Michala Kováča ml. sa vystriedali traja vyšetrovatelia – Jaroslav Šimunič, Peter Vačok a Jozef Číž. Vačok bol odvolaný prokurátorom, pričom podnetom mali byť trestné oznámenia podané I. Lexom a V. Mečiarom. Mečiar sa o nutnosti jeho odvolania vyjadroval aj na verejnosti. Výrok hodnotíme ako zavádzanie.

Vyšetrovania sa na začiatku ujal vyšetrovateľ Jaroslav Šimunič. Ten bol však už 7.septembra 1995 z prípadu odvolaný po tom, čo sa verejne vyjadril, že má závažné podozrenie na účasti členov SIS na prípade.

Vyšetrovanie teda pokračovalo po vedením Vačoka. Ten viedol trestné stíhanie voči príslušníkovi SIS Jiřímu N., ktorý nedokázal zdôvodniť svoju prítomnosť pri dome M. Kováča ml. Uznesenie o vznesení obvinenia však prokurátor zrušil a I. Lexa, riaditeľ SIS, podal na Vačoka trestné oznámenie. Následne Vačok obvinil aj Oskara F. a Igor M. zo spolupáchateľstva, pričom Oskar F. priznal, že vo veci je zapletená SIS. Prokurátor R. Vlachovský napriek tomu uznesenie o vznesení obvinenia zrušil. 

"Keď major Peter Vačok obvinil ďalšieho príslušníka SIS, V. Mečiar verejne oznámil, že „takí ľudia ho nemôžu vyšetrovať“ a že sa toho budú musieť ujať „Stredoslováci“. Aby to dosiahol, aj on podal trestné oznámenie na vyšetrovateľa P. Vačoka," píše Denník N. "Oficiálne" bolo dôvodom jeho odvolania snaha o objektívnosť a nestrannosť vyšetrovania. 

Vačok pre Plusku poskytol rozhovor, v ktorom opísal, čo sa dialo bezprostredne pred jeho odvolaním. Všetko sa začalo už predvolaním u ministra vnútra Ľudovíta Hudeka: "Vycítil som z neho, že nemám komunikovať s médiami. Načo som mu povedal, že pokiaľ nebudem informovať, poruším zákon a to si dovoliť nemôžem. Videl som, že nevedel reagovať. Ešte v ten deň si ma zavolali na ministerstvo opäť. Večer tam už sedel generálny prokurátor, krajský prokurátor a minister vnútra. (...) Vyčítali mi, že som sa stretol s prezidentom Kováčom. Ja som tvrdil, že je poškodený, takže má právo nahliadať do spisu. Napokon sme sa nie v dobrej konštalácii rozišli. Som presvedčený, že sa tieto rozhovory aj niekde analyzovali. Potom sa rozhodlo, že Vačok musí z prípadu vypadnúť." Spolu s tímom zabezpečili v prípade množstvo dôkazov a Vačok je presvedčený o tom, že SIS nechce, aby sa prípad vyšetril. Opísal tiež ako vyzeralo jeho odvolanie: "Volal mi zástupca správy, že príde ku mne. Predtým, ako som bol odvolaný z vyšetrovania, mi zapečatili skriňu a mal som zákaz ju otvoriť a ísť do spisu, ktorý som mal pridelený. Každý sa zapodieval Mečiarom a Lexom, ale nikto sa nezaoberal vtedajšími funkcionármi, ktorí konali v rozpore so zákonom."