Počas prvej vlády Roberta Fica došlo ku zmenám na postoch ministrov v 13 prípadoch, dôvody personálnych zmien boli rôzne. Dušan Čaplovič zastával funkciu ministra len krátkodobo ako poverený minister, Ján Kubiš a Štefan Harabin odchádzali z funkcie z dôvodu iných kariérnych možností, Ivan Valentovič odchádzal na vlastnú žiadosť z osobných dôvodov. Odvolaných, alebo nútených podať demisiu bolo teda 9 ministrov.

Z postu ministra obrany odišiel František Kašický zo Smer-SD v januári 2008. Demisiu podal sám, lebo sa zistilo, že boli porušené zákony o verejnom obstarávaní, o rozpočtových pravidlách a aj smernica ministerstva pri  verejných obstarávaniach na odhrabávanie snehu, letné upratovanie
kasární a upratovanie vnútorných priestorov. Kašický sa vyjadril takto: "Necítim subjektívnu zodpovednosť za konanie úradníkov, respektíve
úradu, ktorý konal v rozpore so všeobecne platnými smernicami,
nariadeniami, programami a mnou schválenými plánmi v rezorte obrany. Na
druhej strane sa však nezbavím objektívnej zodpovednosti, ktorú nesiem za
rezort". Kašického vystriedal štátny tajomník ministerstva Jaroslav Baška, kto bol zároveń predsedom okresnej organizácie Smeru-SD v Púchove.

Štefan Harabin odišiel dobrovoľne z postu ministra spravodlivosti v roku 2009, pretože uspel vo výberovom konaní na post predsedu Najvyššieho súdu SR. Harabin demisiu podal v júni 2009, nahradila ho Viera Petríková. Do funkcie ministerky spravodlivosti Petríkovú navrhol predseda ĽS-HZDS Vladimír Mečiar.

Ministerstvo zdravotníctva najskôr viedol Ivan Valentovič (nominant strany Smer-SD), ktorý potom z osobných dôvodov odstúpil. Stalo sa tak v júni 2008. Fico s Valentovičom bol spokojný: "Nemal som nikdy výhrady k jeho práci. Ja mu vyjadrujem plnú spokojnosť". Novým ministrom sa stal Richard Raši zo strany Smer-SD.

Z postu ministra výstavby a regionálneho rozvoje musel odstúpiť na výzvu premiéra Marián Janušek, nominant SNS. Janušek musel opustiť post kvôli zisteniam o tzv. nástenkovom tendri. Išlo o verejné obstarávanie, kedy oznam o súťaži bol umiestnený na nástenke na chodbe ministerstva len štyri dni, pritom na danú časť chodby sa mohli dostať len zamestnanci s magnetickou kartou. Januška vystriedal na poste ministra Igor Štefanov, ten pritom tiež figuroval v kauze nástenkový tender. Opozícia odvolávala aj nového ministra, nakoniec bol odvolaný premiérom v marci 2010. Vedením ministerstva bol potom poverený Ján Mikolaj, minister školstva za SNS. Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja bolo zrušené zákonom v roku 2010, kompetencie prešli na ministerstvo hospodárstva a výstavby, ministerstvo vnútra, ministerstvo pôdohospodárstva, životného prostredia a regionálneho rozvoja a na úrad vlády.  Zákonom z novembra 2010 úlohy ministerstva výstavby prebralo na seba Ministerstvo dopravy, výstavby a regionálneho rozvoja Slovenskej republiky (.pdf).
 

Miroslav Lajčák nastúpil ako minister zahraničných vecí na miesto Jána Kubiša. Ten odišiel v decembri 2008 na post výkonného tajomníka Európskej hospodárskej komisie OSN v Ženeve. Kubiš aj Lajčák nastúpili do funkcie ako nestranníci nominovaní stranou SMER-SD.

Na ministerstve pôdohospodárstva sa vystriedalo niekoľko politikov zo strany ĽS-HZDS. Nútený odísť bol Miroslav Jureňa pre škandál s prevodom pozemkov na Slovenskom pozemkovom fonde. V 2007 bol Jureňa vyzvaný k tomu, aby podal demisiu, potom, ako to neurobil, jeho odvolanie navrhol sám Fico. Jureňu nahradila Zdenka Kramplová (ĽS-HZDS), ktorá však odišla v 2008 pre netransparentný tender na ministerstve a tiež mala byť údajne zodpovedná za škandál pri financovaní HZDS. Odvolanie Kramplovej navrhol Mečiar, Fico mu v tom vyhovel. Dlho nevydržal ani nástupca Kramplovej Stanislav Becík, koho tiež nominovala ĽS-HZDS. O Becíkovi mal Fico dobrú mienku: "Môj vzťah k pánovi Becíkovi je dobrý a teraz čakám. Je to dobrý
minister, rozumie tomu, čo robí na ministerstve pôdohospodárstva a
myslím si, že má v poľnohospodárskej obci aj dobré renomé", ale jeho odvolanie žiadalo HZDS, preto Becík podal demisiu. Do konca volebného obdobia riadil ministerstvo pôdohospodárstva už Vladimír Chovan, nominant HZDS.

Veľa politikov zo strany SNS sa vystriedalo aj na stoličke ministra životného prostredia. Ako prvý viedol ministerstvo Jaroslav Izák, ktorý bol nútený odísť pre netransparentné prideľovanie verejných peňazí. Jeho nástupca Ján Chrbet bol nútený odísť pre kauzu podhodnotenia predaja emisií schránkovej spoločnosti Interblue Group. Ďalším v poradí bol Viliam Turský, ktorý sa na poste zdržal len tri mesiace. Post mu bol odobraný pre viaceré kauzy v jeho rezorte, medzi ktorými boli popolčekový tender, prenájom pozemkov a emisie. Premiér Robert Fico odobral celý rezort strane SNS a dočasne na post ministra umiestnil Dušana Čaploviča, podpredsedu vlády. Následne riadil ministerstvo Jozef Medveď ako nestranník. 

Počas druhej vlády Roberta Fica bolo personálnych zmien menej.

Z postu ministra hospodárstva odišiel Tomáš Malatinský v júli 2014. Malatinský nemal na svedomí žiadnu kauzu, to, či odchádza na vlastnú žiadosť alebo po odporúčaní premiéra, nevyjasnil. Nestraníka Malatinského nahradil štátny tajomník Pavol Pavlis, ktorý bol po necelom roku odvolaný pre podozrenie z rodinkárstva. Ministerstvo riadil dočasne minister financií Peter Kažimír, od júna 2015 do funkcie nastúpil nestraník Vazil Hudák.

Dušan Čaplovič odstúpil z funkcie ministra školstva spolu s Tomášom Malatinským. Čaploviča nahradil Peter Pellegrini, ktorý však niekoľko mesiacov na to odišiel na miesto predsedu parlamentu po odstúpení Pavla Pašku. Na post mnisterstva školstva nastúpil nestraník Juraj Draxler.

Zmeny nastali aj na ministerstve zdravotníctva, kde bola odvolaná Zuzana Zvolenská, nominantka Smeru z dôvodu predraženého nákupu CT prístroja v nemocnici v Piešťanoch. Nahradil ju Viliam Čislák z nestranných.