Vyšetrovanie vraždy Róberta Remiáša bolo zastavené dva krát. Prvý krát v októbri roku 1996 pre nedostatok dôkazov. Nanovo sa vyšetrovanie začalo v roku 1998 po Mečiarovom páde a nástupe Mikuláša Dzurindu do funkcie predsedu vlády. Z vraždy boli obvinení Jozef Roháč a Imrich Oláh, z jej organizácie Miroslav Sýkora, a ako objednávateľa obvinili Ivana Lexu. V roku 2006 bolo najskôr zastavené trestné stíhanie Roháča, Oláha a Sýkoru, o čom informoval generálny prokurátor Dobroslav Trnka. Neskôr špeciálny prokurátor Dušan Kováčik zastavil aj vyšetrovanie Ivana Lexu. Keďže, však nikde nie je zmienka o konaní voči štátnym orgánom a taktiež sa jednalo o niekoľko tlačových besied nie len jednu, ako to prezentuje Vladimír Mečiar, výrok hodnotíme ako zavádzajúci.

Po opätovnom začatí vyšetrovania po nástupe Mikuláša Dzurindu bol v apríli 1999 do väzby vzatý bývalý riaditeľ SIS Ivan Lexa, ale už v júli toho istého roku bol prepustený, do väzby sa Lexa vrátil 5.decembra, keď bol označený za objednávaeľa vraždy. 25.Novembra boli z Remiášvej vraždy obvinení, už spomínaní Imrich Oláh a Jozef Roháč

Trestné stíhanie vo veci vraždy Róberta Remiáša proti obvineným Jozefovi Roháčovi a Imrichovi Oláhovi bolo pozastavené 19. septembra 2006 Bratislavskou krajskou prokurátorkou. Vtedajší generálny prokurátor Dobroslav Trnka sa pre denník Hospodárske noviny vyjadril následovne: "Skutok sa stal, ale nespáchali ho títo dvaja." Podľa denníka SME sa Trnka vyjadril pre televíziu Markíza, že vyšetrovanie nepreukázalo, že skutok spáchali Roháč a Oláh. 

O dva dni neskôr, 21. septembra 2006, bolo zastavené aj trestné stíhanie voči Ivanovi Lexovi, tentokrát s odôvodnením, že skutok sa nestal. Média o tom informoval špeciálny prokurátor Dušan Kováčik. Prokuratúra mala za to, že hlavný svedok, Karol Szatmáry, si svoju výpoveď vymyslel. Bol to práve on, kto z vraždy Róberta Remiáša obvinil Ivana Lexu, Jozefa Roháča a Ivana Oláha. Rovnako spochybnila prokuratúra aj výpoveď utajeného svedka. Opierala sa pri tom o výpovede ďalších svedkov.